ARTICLE · BIOSTIMULANTS MICROBIENS

Changement de culture : intégrer des micro-organismes sélectionnés dès le départ

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Jeunes semis en plateaux de multiplication avec substrat dans une serre

L’ancienne culture est retirée. Les conduites ont été vérifiées, les gouttières nettoyées et le nouveau substrat est prêt. Pour les jeunes plants, une phase déterminante commence : de nouvelles racines se développent et la communauté microbienne autour de ces racines se met en place.

Les micro-organismes arrivent d’eux-mêmes avec le matériel végétal, l’eau d’irrigation, le substrat et l’environnement. Mais leur simple présence ne dit rien de leurs propriétés ni de leur apport à la culture. Une microbiologie présente par hasard, ce n’est pas la même chose qu’une application ciblée de souches sélectionnées.

C’est justement pourquoi le changement de culture est un moment clé pour introduire tôt des micro-organismes sélectionnés dans la zone racinaire. Pas comme un ajout isolé, mais comme une partie réfléchie du programme de culture. Ainsi, vous ne laissez pas entièrement au hasard ce qui se passe autour des jeunes racines.

Un changement de culture, c’est plus qu’une nouvelle culture

Lors d’un changement de culture, beaucoup d’éléments changent en même temps. L’ancien système racinaire disparaît, la matière organique est retirée et les conduites ou les gouttières sont nettoyées. Parfois, tout le substrat est remplacé; dans d’autres systèmes, une partie est réutilisée. L’irrigation, la stratégie de fertilisation, la température et la charge du système d’irrigation se remettent aussi en place.

Pour la microbiologie, c’est une transition majeure. Le milieu autour des anciennes racines disparaît et une nouvelle zone racinaire se forme. En même temps, des micro-organismes entrent de nouveau dans le système à partir de plusieurs sources, par exemple :

  • le cube, la mini-motte ou le bloc de démarrage du jeune plant;
  • la fibre de coco, la tourbe, la laine de roche ou un autre substrat de culture;
  • l’eau d’irrigation, l’eau de drainage et les réservoirs;
  • les engrais, la matière organique et la poussière de l’environnement;
  • les surfaces qui redeviennent humides après le nettoyage;
  • les gens, le matériel et les travaux dans la serre.

Cette microbiologie se développe donc de toute façon. La différence, c’est de savoir si vous laissez sa mise en place entièrement à ce qui entre de lui-même, ou si vous donnez une place à des micro-organismes sélectionnés dès le départ.

Des micro-organismes présents, ce n’est pas une microbiologie ciblée

Un substrat neuf n’est pas toujours vide sur le plan microbiologique. La situation de départ varie beaucoup selon le matériau, sa production, son entreposage et son utilisation. Ce n’est toutefois pas une raison pour renoncer au soutien microbien.

Les substrats organiques comme la fibre de coco et la tourbe peuvent déjà contenir des micro-organismes variés. Les substrats minéraux sont eux aussi colonisés après la transformation, le transport, l’humidification et l’utilisation. Le matériel végétal et l’eau d’irrigation apportent également des micro-organismes. Une étude sur un mélange tourbe-perlite (s’ouvre dans un nouvel onglet) a par exemple observé une communauté bactérienne même dans un substrat non planté, qui a ensuite évolué pendant la culture sous l’effet de la fertilisation, du pH, du cultivar et de la plante elle-même. Pour en savoir plus sur la zone racinaire, voyez la culture en serre et en substrat.

L’essentiel, c’est la différence entre présence et intention. Les micro-organismes qui se trouvent par hasard dans le matériel végétal, l’eau ou le substrat n’ont pas été sélectionnés pour une fonction précise dans le système de culture. Avec un produit microbien bien choisi, le producteur introduit des souches connues et sélectionnées à un moment choisi. On oriente ainsi davantage la mise en place de la zone racinaire que si on la laisse uniquement à ce qui entre de soi-même.

Main gantée plaçant un jeune plant avec sa mini-motte de laine de roche enracinée dans un nouveau bloc de laine de roche

Que se passe-t-il autour d’une jeune racine?

La zone étroite qui entoure directement une racine s’appelle la rhizosphère. Les racines y libèrent différentes substances, dont des sucres, des acides aminés et des acides organiques. Avec l’humidité, l’oxygène, le pH et les éléments nutritifs disponibles, ces exsudats racinaires créent un milieu où certains micro-organismes se développent mieux que d’autres.

La plante n’y est pas un simple témoin. L’âge, la culture, le cultivar et le stade de croissance influencent quels micro-organismes peuvent s’installer autour et à l’intérieur de la racine. En même temps, les conditions dépendent du système de culture : un jeune plant dans la laine de roche avec des irrigations fréquentes a un milieu racinaire différent de celui d’un plant dans la fibre de coco, la tourbe ou en plein champ. Voyez aussi les différents systèmes de culture.

La communauté microbienne résulte donc de l’interaction entre :

  1. la plante, avec sa croissance racinaire et ses exsudats;
  2. l’environnement, dont le substrat, l’eau, la température, l’oxygène et la fertilisation;
  3. les micro-organismes présents, qui proviennent de plusieurs sources;
  4. la régie de culture, comme l’hygiène, la recirculation, la désinfection et la stratégie d’irrigation.

C’est pourquoi une application donne les meilleurs résultats lorsque le choix des souches, le moment et le mode d’application sont adaptés à la culture et au système de culture.

Pourquoi le changement de culture est un moment clé pour commencer

Au début d’une culture, de nombreuses nouvelles pointes racinaires se forment et le système racinaire traverse rapidement le substrat. Cela crée beaucoup de nouvelle surface racinaire et rend cette première phase déterminante pour la mise en place de la communauté microbienne.

Une étude expérimentale sur Setaria viridis (s’ouvre dans un nouvel onglet) a montré que le moment où les racines étaient exposées aux communautés microbiennes pouvait influencer la composition ultérieure du microbiote racinaire.

Une application hâtive donne aux micro-organismes sélectionnés accès au milieu racinaire au moment où beaucoup de nouvelle surface racinaire se forme. Par la suite, la zone racinaire continue d’évoluer avec la croissance des racines, l’irrigation, la fertigation, la température et le développement de la culture. C’est pourquoi l’application ne devrait pas être isolée, mais faire partie d’un programme adapté à la culture et au système.

Le changement de culture ne garantit pas un microbiome fixe pour toute la saison. C’est toutefois un moment logique et facile à contrôler pour amorcer une stratégie microbienne réfléchie.

Ce dont les micro-organismes sélectionnés ont besoin pour jouer leur rôle

Une application ciblée demande plus que le produit seul. Les souches sélectionnées doivent atteindre la zone racinaire et y trouver des conditions qui leur permettent d’être actives. Le bon moment d’application, la compatibilité avec le traitement de l’eau et le respect de l’étiquette en vigueur sont donc essentiels à un programme professionnel.

Les facteurs importants comprennent notamment :

  • les souches choisies et le produit;
  • l’application selon l’étiquette en vigueur et le guide propre au produit;
  • la culture et son stade de développement;
  • les propriétés du substrat;
  • le pH, la température, l’humidité et l’oxygène dans la zone racinaire;
  • la composition de la solution nutritive;
  • le moment de la désinfection ou d’un traitement avec des oxydants puissants.

Un système d’irrigation efficace, un programme de fertilisation adapté et une hygiène rigoureuse en constituent la base. Ils ne rendent pas le soutien microbien inutile; ils aident au contraire à appliquer des micro-organismes sélectionnés dans de bonnes conditions.

Cinq conditions pour un bon départ microbien

Mains examinant le système racinaire d’un jeune plant de laitue

1. Un objectif clair

Déterminez ce que vous voulez accomplir avec l’application, par exemple intégrer dès le départ la microbiologie à la gestion de la zone racinaire. Un objectif clair facilite la mise en place du programme et le suivi de son effet.

2. Un portrait de la situation de départ

Notez le substrat utilisé, la façon dont il a été entreposé et s’il est neuf ou réutilisé. Observez aussi l’état des jeunes plants et du milieu racinaire qui les accompagne. Vous saurez ainsi dans quel milieu arriveront les micro-organismes sélectionnés.

3. Une ligne d’eau bien arrimée

Faites le portrait de l’eau de source, de l’entreposage, de la recirculation, de la filtration et de la désinfection, s’il y a lieu. Planifiez l’application pour que les micro-organismes ne soient pas appliqués peu avant ou en même temps qu’un traitement incompatible. Vérifiez toujours l’information à jour sur le produit et l’ensemble de la ligne d’eau. Pour en savoir plus sur la microbiologie de l’eau.

4. Un bon arrimage avec le plan de culture

La fertigation, le pH, la fréquence d’irrigation, la stratégie de drainage et la température influencent le milieu racinaire. Adaptez l’application à ces éléments pour que le soutien microbien devienne une partie fixe et logique du programme.

5. Une méthode de suivi choisie d’avance

Déterminez à l’avance les observations pertinentes : développement et répartition du système racinaire, uniformité de la culture, données de culture et changements dans le milieu racinaire. Lorsque c’est possible, comparez avec une section témoin et consignez les conditions et les applications.

Ce qu’est un biostimulant microbien, et ce qu’il n’est pas

Selon la réglementation de l’Union européenne (s’ouvre dans un nouvel onglet), un biostimulant des végétaux vise à stimuler les processus de nutrition de la plante, indépendamment de la teneur en éléments nutritifs du produit lui-même. Les objectifs permis portent sur l’efficacité d’utilisation des éléments nutritifs, la tolérance au stress abiotique, les caractéristiques de qualité ou la disponibilité des éléments nutritifs confinés dans le sol ou la rhizosphère.

Un biostimulant microbien est composé d’un ou de plusieurs micro-organismes. Ce n’est donc pas un engrais qui comble simplement un manque d’éléments nutritifs. Ce n’est pas non plus un produit de protection des cultures, et il ne doit pas être présenté comme un traitement contre les maladies ou les agents pathogènes s’il n’est pas homologué à cette fin.

Les effets qui peuvent être mentionnés pour un produit donné dépendent de son homologation, du marché, de la documentation à jour et des données à l’appui. Les connaissances générales sur une espèce bactérienne ne constituent donc pas automatiquement une allégation permise pour chaque produit qui la contient.

Intégrez le soutien microbien à votre programme de culture

Une application microbienne donne les meilleurs résultats lorsqu’elle fait partie intégrante du programme, et non comme intervention ponctuelle. La dose, la fréquence et la compatibilité suivent toujours l’étiquette en vigueur, le guide propre au produit et les conseils techniques pour le marché, la culture et le mode de production visés.

Au moment d’établir le programme, on tient compte notamment :

  • de la culture et de son stade de croissance;
  • du substrat ou du sol;
  • de la source d’eau et de la recirculation;
  • de la technique d’irrigation et du temps de séjour;
  • des engrais et des autres produits en mélange en cuve;
  • des produits de désinfection et d’entretien;
  • de la température et des conditions d’entreposage;
  • de l’homologation locale du produit et du mode d’emploi.

Rendez visible l’évolution de la zone racinaire

Si vous utilisez le soutien microbien de façon réfléchie, vous voulez aussi voir comment évolue la zone racinaire. Une seule racine blanche en dit peu : les jeunes racines sont souvent pâles naturellement, et l’irrigation, l’oxygène, la température et le stade de la culture influencent leur apparence. Une meilleure évaluation combine plusieurs observations dans le temps, par exemple :

  • le développement du système racinaire à différents endroits du substrat;
  • les différences entre les plants, les sections et les lignes d’irrigation;
  • le lien avec l’irrigation, le drainage, la CE, le pH et la température du substrat;
  • les changements après un ajustement du calendrier de culture ou d’irrigation;
  • une comparaison choisie d’avance, lorsque la situation le permet.

On voit ainsi comment l’application fonctionne dans l’ensemble du système de culture, et le programme peut être ajusté au besoin.

LA MICROBIOLOGIE DANS LE PROGRAMME DE CULTURE

Le rôle de BIOMICROBES

BIOMICROBES offre des solutions microbiennes pour les systèmes de culture professionnels. BIOMICROBES 08 contient des souches de Bacillus soigneusement sélectionnées et a été conçu pour être appliqué dans le milieu racinaire.

Pour utiliser ces micro-organismes de façon ciblée, nous tenons compte de la culture, du matériel végétal, du substrat, de la ligne d’eau, de la fertigation, de la désinfection s’il y a lieu et de la façon dont le système est suivi pendant la culture.

À partir de là, nous déterminons avec vous comment intégrer de façon responsable un biostimulant microbien à votre programme de culture actuel, quel moment de départ convient et comment suivre l’évolution sur le terrain.

La microbiologie autour de la racine se développe toujours. Le choix, sur le plan de la régie, c’est de laisser cette évolution entièrement au hasard ou d’introduire dès le départ des micro-organismes sélectionnés. Le changement de culture est un moment clé pour le faire, puisque beaucoup de surface racinaire est nouvelle et que plusieurs décisions de culture se prennent à nouveau.

Vous voulez utiliser BIOMICROBES 08 de façon ciblée dès le changement de culture? Parlons de votre culture, de votre substrat, de votre eau et de votre programme actuel.

Sources et lectures complémentaires

  1. Union européenne (2019). Regulation (EU) 2019/1009 on EU fertilising products, en particulier la CFP 6 sur les biostimulants des végétaux.
    EUR-Lex : Règlement (UE) 2019/1009 (PDF) (s’ouvre dans un nouvel onglet)
  2. Aleklett, K., Rosa, D., Pickles, B.J. & Hart, M.M. (2022). Community Assembly and Stability in the Root Microbiota During Early Plant Development. Frontiers in Microbiology.
    https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.826521 (s’ouvre dans un nouvel onglet)
  3. Quijia-Pillajo, J. et al. (2025). Fertilization influences the substrate, rhizosphere, and endosphere bacteriome of Petunia × hybrida. Frontiers in Microbiology.
    https://doi.org/10.3389/fmicb.2025.1719754 (s’ouvre dans un nouvel onglet)
  4. Picot, A. et al. (2020). Water Microbiota in Greenhouses With Soilless Cultures of Tomato by Metabarcoding and Culture-Dependent Approaches. Frontiers in Microbiology.
    https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.01354 (s’ouvre dans un nouvel onglet)
  5. Chaparro, J.M., Badri, D.V. & Vivanco, J.M. (2014). Rhizosphere microbiome assemblage is affected by plant development. The ISME Journal.
    https://doi.org/10.1038/ismej.2013.196 (s’ouvre dans un nouvel onglet)