Abondance microbienne du sol : que révèle l’UFC/g sur votre culture ?

Que mesure un test en UFC ?

UFC signifie unités formant colonies (en anglais, colony-forming units ou CFU). Au laboratoire, un échantillon dilué est étalé sur un milieu de culture. Les micro-organismes qui peuvent croître dans les conditions choisies forment des colonies visibles. Celles-ci sont comptées, puis converties, par exemple, en UFC par gramme de sol.

C’est une méthode utile pour répondre à une question précise. Ce n’est toutefois pas un dénombrement de toute la vie microbienne d’un échantillon. Certains micro-organismes ne poussent pas sur le milieu utilisé, ou pas à la température et à la durée d’incubation choisies. Une colonie peut aussi provenir de plus d’une cellule agglomérée. Et un résultat de culture bactérienne ne décrit pas automatiquement les champignons ni d’autres groupes de micro-organismes.

Dans une étude qui compare différentes méthodes de dénombrement des bactéries du sol (s’ouvre dans un nouvel onglet), les résultats variaient selon la méthode et le traitement de l’échantillon. La leçon pratique : lisez toujours un résultat en UFC avec la méthode d’analyse.

De 10⁸ à 10¹⁰ UFC/g : que signifie cet écart ?

Mathématiquement, 10¹⁰ représente cent fois plus que 10⁸. Pour un producteur, l’interprétation commence seulement à ce moment-là.

Les échantillons proviennent-ils du même champ et de la même profondeur ? Ont-ils été prélevés au même stade de la culture ? S’agit-il de sol de la zone racinaire ou de sol plus éloigné des racines ? La même méthode de laboratoire a-t-elle été utilisée ? Et les deux résultats sont-ils exprimés de la même façon ?

Si ces conditions diffèrent, la comparaison peut induire en erreur. Même avec des échantillons bien comparables, un chiffre plus élevé ne dit pas quels organismes ont augmenté ni ce qu’ils apportent à la culture. Il n’existe pas de seuil général en UFC/g à partir duquel un sol devient soudainement « sain ».

Une série de mesures dans un même système peut toutefois être intéressante. Elle permet de suivre l’évolution d’une valeur après un ajustement de la régie. Évaluez cette tendance avec l’état du sol, le développement racinaire et les données de culture. Les lignes directrices de l’USDA sur la santé des sols (s’ouvre dans un nouvel onglet) soulignent aussi que les valeurs isolées ont besoin de contexte et de comparaisons dans le temps.

La zone racinaire compte plus qu’un seul chiffre total

Les micro-organismes jouent un rôle dans les processus liés à la matière organique, aux éléments nutritifs et aux racines. Mais leur seule présence ne dit pas comment ces processus se déroulent dans votre culture.

Tout près de la racine, dans la rhizosphère, le milieu change constamment. Les racines libèrent des substances; l’irrigation, l’oxygène, la température, le pH et la fertilisation influencent quels micro-organismes peuvent y fonctionner. La communauté microbienne déjà présente joue aussi un rôle.

C’est pourquoi deux échantillons comptant un nombre total semblable de micro-organismes cultivables peuvent quand même être très différents. Pour une décision de culture, des questions comme celles-ci sont souvent plus utiles que « comment obtenir le plus grand nombre d’UFC ? » :

• Comment les racines se développent-elles dans le substrat ?
• L’humidité, l’oxygène, le pH et la fertilisation sont-ils adéquats dans la zone racinaire ?
• Quelle fonction microbienne voulez-vous soutenir de façon ciblée ?
• Un micro-organisme sélectionné convient-il à cette culture et à ce système ?
• Comment allez-vous évaluer si l’application apporte une valeur ajoutée au programme de culture ?

Pour en savoir plus sur cette approche ciblée, voyez comment les biostimulants microbiens sont utilisés en production professionnelle.

L’UFC/g dans le sol n’est pas l’UFC/ml sur une étiquette

L’étiquette fournie de BIOMICROBES 08 indique une concentration minimale totale de ≥ 1 × 10¹⁰ UFC/ml. Cette valeur décrit la concentration de micro-organismes viables dans le produit, dans les conditions d’entreposage indiquées.

Un résultat en UFC/g décrit autre chose : les micro-organismes cultivables trouvés selon une méthode donnée dans un échantillon de sol analysé. Après l’application, un produit est en plus réparti dans l’eau, le sol ou le substrat. Les micro-organismes arrivent ensuite dans un milieu racinaire existant.

Une valeur d’étiquette de 10¹⁰ UFC/ml ne signifie donc pas que vous mesurerez 10¹⁰ UFC/g de sol après l’application. La valeur du produit est pertinente pour la qualité et la concentration de la formulation. La question agronomique est de savoir si les organismes sélectionnés sont appliqués au bon endroit et peuvent y fonctionner dans des conditions adéquates.

Comment rendre une mesure utile pour votre entreprise ?

Commencez par l’objectif de l’analyse. Voulez-vous établir un point de départ, suivre un changement ou comparer deux sections de culture ? Convenez ensuite avec le laboratoire du test qui répond à cette question.

Pour une comparaison valable, il est utile de travailler de façon constante :

1. Échantillonnez la même zone. Notez si vous analysez du sol près des racines actives, une couche de sol précise ou une partie précise du substrat.
2. Gardez un moment de prélèvement comparable. Le stade de la culture, l’irrigation récente et les travaux influencent la situation de départ.
3. Utilisez la même méthode d’analyse. Des milieux de culture ou des traitements d’échantillon différents peuvent donner des résultats différents.
4. Notez ce qui a changé dans la culture. Pensez à la fertilisation, à l’irrigation, à la température, au substrat ou aux applications microbiennes.
5. Observez aussi la culture. Le développement racinaire, l’uniformité et les données de culture pertinentes donnent son sens au résultat de laboratoire.

Un seul résultat peut justifier d’aller voir plus loin. Une série bien construite aide davantage à prendre des décisions.

De la mesure à l’application ciblée

Quand la zone racinaire doit mieux fonctionner, la démarche ne commence pas par la course à un nombre d’UFC arbitraire. Il faut d’abord comprendre ce qui se passe dans le système. Une zone racinaire pauvre en oxygène ou constamment trop humide, par exemple, demande d’abord d’agir sur les conditions de culture. Un produit microbien doit ensuite convenir à la culture, à l’application et au programme en place.

C’est là que réside la valeur d’une formulation sélectionnée. Vous choisissez délibérément les micro-organismes que vous introduisez, au lieu d’espérer seulement qu’un dénombrement microbien général plus élevé représente aussi la microbiologie recherchée. L’application et la dose suivent toujours l’étiquette en vigueur et doivent être arrimées à l’irrigation et à un éventuel traitement de l’eau.